Модель Skoda Fabia оборудуется разными моторами. Возможен вариант установки дизеля объемом 1,4-1,9 л. Двигатели на бензине имеют разновидности – с объемом 1,2 л. с мощностью 60 и 69 л.с., а также с объемом 1,4 л. и 86 л.с. Есть установка мотора объемом 1,6 л и мощностью 105 л. с.  Все бензиновые двигатели имеют бортовую систему самодиагностики OBD. Используются в данной модели семь двигателей. Каждый из них сочетается с 5 -ступенчатой механической  коробкой  передач. Если покупатель желает иметь автоматическую коробку передач, ему нужно обратить внимание на двигатель 1,6 литра. Только с ним устанавливается автоматическая 6-ступенчатая Tiptronic. В России дизели и бензиновый двигатель 1,4 литра не продаются.